企业年金是指企业及其职工按照《企业年金试行办法》的规定，在依法参加基本养老保险的基础上，自愿建立的补充养老保险。国家税务总局《关于企业年金个人所得税征收管理有关问题的通知》（国税函[2009]694号），首次明确了企业年金个人所得税征收管理的相关问题，之后《关于企业年金个人所得税有关问题补充规定的公告》（国家税务总局公告2011年第9号）（以下简称9号公告）又对该函的有关规定作了补充规定。因此，企业年金在计算缴纳个人所得税时，应注意以下几个问题：
　　一、企业年金无个人所得税税收优惠待遇
　　国税函[2009]694号第一条规定，企业年金的个人缴费部分，不得在个人当月工资、薪金计算个人所得税时扣除。这就是说企业年金个人缴费部分也要计算缴纳个人所得税。
　　例一，甲公司实行年金计划，公司总经理李某月工资10000元，2011年12月，公司已向其年金账户缴存当月应缴金额3000元，其中企业缴费2000元；个人缴费1000元。该月李某应缴多少个人所得税？
　　由于年金中个人缴费1000元，不得在其当月工资、薪金中扣除，因此，李某应缴工资、薪金个人所得税745元[（10000-3500）×20%－555]。
　　国税函[2009]694号第二条第一款规定，对于企业年金的企业缴费计入个人账户的部分（以下简称企业缴费）是个人因任职或受雇而取得的所得，属于个人所得税应税收入，在计入个人账户时，应视为个人一个月的工资、薪金（不与正常工资、薪金合并），不扣除任何费用，按照“工资、薪金所得”项目计算当期应纳个人所得税款，并由企业在缴费时代扣代缴。
　　续例一，李某年金企业缴费部分应缴个人所得税95元（2000×10%－105）。
　　两项合计应缴840元（745+95），李某实际到手的工资为8160元（10000-1000-840）。
　　假如该公司财务执行新会计准则，则扣缴税款账务处理：
　　1.代扣时：
　　借：应付职工薪酬――李某 10000
　　贷：现金 8160
　　贷：应交税费――代扣代缴个人所得税 840
　　贷：其他应付款  1000
　　2.代缴时：
　　借：应交税费――代扣代缴个人所得税 840
　　贷：银行存款（现金） 840
　　二、月工资收入低于费用扣除标准的年金不征税
　　由于国税函[2009]694号对企业为月工资收入低于费用扣除标准的职工缴存企业年金的征税问题不够明确，因此9号公告规定，企业年金的企业缴费部分计入职工个人账户时，当月个人工资薪金所得与计入个人年金账户的企业缴费之和未超过个人所得税费用扣除标准的，不征收个人所得税；个人当月工资薪金所得低于个人所得税费用扣除标准，但加上计入个人年金账户的企业缴费后超过个人所得税费用扣除标准的，其超过部分按照国税函[2009]694号第二条规定缴纳个人所得税。
　　例二，乙公司实行企业年金计划，员工张某今年2月、3月份的工资分别是2400元、2800元；公司按月为其年金企业缴费是1000元，张某的年金如何申报缴纳个人所得税？
　　2月份张某的工资与公司为其缴纳的年金之和是3400元（2400+1000）达不到工资薪金个人所得税费用扣除标准3500元，所以企业年金不需要缴纳个人所得税；3月份张某的工资与公司为其缴纳的企业年金之和是3800元（2800+1000）超过了工资薪金费用扣除标准3500元，应纳税所得额为300元（3800－3500），张某的年金需要申报缴纳个人所得税9元（300×3%）。
　　三、合并期限缴费的年金应纳税额高
　　国税函[2009]694号第二条第二款规定，对企业按季度、半年或年度缴纳企业缴费的，在计税时不得还原至所属月份，均作为一个月的工资、薪金，不扣除任何费用，按照适用税率计算扣缴个人所得税。因此，如果企业不是按月缴费，而选择按季、半年或年度一次性缴费，则会因为个人所得税累进税制而使个人承担更高的税负。
　　续例一，假如年金企业缴费部分，该公司平时每个月不缴存，而是年终一次性缴纳，并于2011年12月一次性办理了全体职工全年的企业缴费手续，则该月李某年金应申报个人所得税4995元（2000×12×25%－1005），税负比按月缴存高出四倍多。因此，企业应尽量选择按月缴存，这是税负最轻的方式。
　　四、企业缴费未归属个人部分可申请退税
　　国税函[2009]694号第三条规定，对因年金设置条件导致的已经计入个人账户的企业缴费不能归属个人的部分，其已扣缴的个人所得税应予以退还。具体计算公式如下：应退税款=企业缴费已纳税款×（1－实际领取企业缴费／已纳税企业缴费的累计额）。
　　参加年金计划的个人在办理退税时，应持居民身份证、企业以前月度申报的含有个人明细信息的《年金企业缴费扣缴个人所得税报告表》复印件、解缴税款的《税收缴款书》复印件等资料，以及由企业出具的个人实际可领取的年金企业缴费额与已缴纳税款的年金企业缴费额的差额证明，向主管税务机关申报，经主管税务机关核实后，予以退税。
　　由于企业年金和股票期权相似，具有留住企业人才的作用。因此，很多企业年金方案中对于职工享受企业年金都有一些限制性规定。如果员工未达到服务年限中途离职或发生其他不符合年金授予条件的情况，企业将可以随之终止年金合同。因此，对于个人而言，由于最终没有得到这笔年金，就存在多缴个人所得税而需要退税的问题。
　　续例一，假如该公司为李某按月缴存年金已满2年，企业缴费金额合计为48000元。双方约定李某要服务5年才能拿到企业缴费100%的归属比例。今年初，李某因故提前离开企业，根据约定，李某只能领取企业缴费部分的40%（2÷5×100%），即19200元（48000×40%）。此时，我们应按如下方式计算应退税款：
　　2010年1月至2011年8月年金已纳税3500元[（2000×15%-125）×20]；2011年9月至2011年12月年金已纳税380元[（2000×10%－105）×4]，合计3880元（3500+380）；应退税款2328元[3880×（1-19200÷48000）]。
　　五、以前年度年金应扣未扣税的补缴方法
　　由于国税函[2009]694号对以前年度企业缴费部分未扣缴税款的计算补税问题不够明确，因此9号公告规定，对企业年金企业缴费部分以前年度未扣缴税款的，在计算应补缴税款时，首先应按照每一职工月平均工资额减去费用扣除标准后的差额确定职工个人适用税率，然后按照国税函[2009]694号第五条规定计算个人实际应补缴税款；职工月平均工资额=当年企业为每一职工据以计算缴纳年金费用的工资合计数÷企业实际缴纳年金费用的月份数，公式中的工资合计数不包括未计提企业年金的奖金、津补贴等；纳税年度内每一职工应补缴税款=当年企业未扣缴税款的企业缴费合计数×适用税率－速算扣除数，公式计算结果如小于0，适用税率调整为5%，据此计算应补缴税款。
　　例三，丙公司实行企业年金计划，2010年公司按月为员殷某年金企业缴费全年累计1800元，2010年殷某全年工资收入为116000元，其中包括未计提企业年金的奖金、津补贴等20000元。工资薪金部分应缴个人所得税，公司已按规定代扣代缴，但年金未扣税，如何补缴年金个人所得税？
　　首先要应按照补缴年度每一职工月平均工资额减去费用扣除标准后的差额确定殷某个人适用税率。2010年殷某计提年金的月平均工资是8000元[（116000－20000）÷12]，超过了工资薪金费用扣除标准，因此，年金需要补税。2010年殷某月应纳税所得额是6000元（8000－2000），适用税率是20%，应补缴税款－15元（1800×20%－375）小于0。根据9号公告规定，计算结果如小于0，适用税率调整为5%，据此计算应补缴税款。因此，殷某年金应补缴个人所得税90元（1800×5%）。
　　六、未按规定报送代扣代缴资料的要处罚
　　国税函[2009]694号第四条规定，设立企业年金计划的企业，应按照个人所得税法和税收征收管理法的有关规定，实行全员全额扣缴明细申报制度。这就是说如果不履行全员全额扣缴明细申报义务，将会依法处理。因此丙公司未按规定进行全员全额扣缴明细申报的行为将会受到依法处理。实际上履行全员全额明细申报，即关系到企业以后的退税，也关系到纳税人的切身利益。企业只有履行了纳税申报手续，才能更好地维护好自身的合法权益。